腰痛跟肛瘘有关系。腰痛在临床上是很多疾病的共同症状，比如腰肌损伤、腰椎小关节紊乱、腰椎间盘突出、输尿管结石、妇科疾病和肛肠疾病。

肛瘘在静止期一般无明显症状，在急性期可形成局部脓肿。深部脓肿可以波及到盆腔器官和直肠乙状结肠，可以反射性的刺激腹腔神经丛，导致腰疼。

腰痛与患者体位无关，多呈持续性钝痛。腹部CT可提示腰椎无异常、盆底或后腹膜密度增高，可伴随着会阴部坠胀感、排便里急后重感。在深部脓肿及时引流后，腰痛可随之减轻或者消失。