直肠黏膜充血多数情况下是可以自愈，有时候需要进行针对性的治疗才能痊愈。

直肠黏膜充血可能是由于过敏、接触扩血管的物质以及炎症等原因引起。当食用过敏性的物质后，肠道会因为致敏原的作用而引起充血、扩张。当致敏原排出体外后且不再接触，肠道充血也会自愈。当进食辛辣刺激性的食物后，肠黏膜和因为辣椒素等的刺激而导致的血管扩张，停止进食辛辣刺激性的食物后，肠道充血可自愈。

当患有肠炎后，也可以引起肠黏膜充血，大多数的肠炎有自限性，因此可自愈。但部分症状严重者，需要进行药物治疗才能痊愈。