孤立性直肠溃疡以用药保守治疗为主，由于大多孤立性直肠溃疡会伴有便秘、直肠脱垂等等疾病，所以其治疗最主要的是治疗便秘，可以口服缓泻剂缓解便秘症状。

平时也要养成良好的排便习惯，减少成形粪便对孤立型直肠溃疡的压迫；直肠内也可以使用太宁栓塞肛门，保护溃疡面促进溃疡面恢复；如果局部溃疡继发有感染时，需要口服抗生素，大多以广谱抗生素为主。

但是经以上的内科保守治疗无效的患者，需要考虑行手术治疗，手术时需要切除溃疡面，并治疗直肠脱垂等并发疾病。