高位的肛瘘主要是肛周脓肿所形成的，所以高位的肛瘘内口在齿状线上肛窦的部位。

高位的脓肿自行破溃之后或者做手术引流后，形成一个外口，这个外口，主要是长在肛周的皮肤，由于皮肤生长速度较快出现假性愈合，而导致脓肿反复发作，形成多条瘘管和外口，从而使单纯的肛瘘变成复杂性的高位肛瘘。

高位的肛瘘一定要做手术进行挂线疗法，尽可能保留肛门的功能，手术过程中，一定要把原发的内口找到，再把内口和瘘管一起切除，手术后要进行抗感染治疗，局部用高锰酸钾坐浴。