雌激素水平低的原因，一般是由于卵巢功能的衰退。导致卵巢功能衰退的原因有很多，首先，由于遗传因素自身免疫性疾病，病毒对于卵母细胞的损害作用等等，都可能会导致卵巢功能的衰退，引起雌激素水平的下降。

另外，由于一些医源性的原因，比如像卵巢曾经受到过盆腔的放疗，或者有些全身的化学药物的治疗以及手术的治疗，包括有子宫内膜异位症、巧克力囊肿，囊肿剥除术后由于手术的损伤造成的卵巢功能的减退，也可能会由于卵巢激素水平、分泌激素水平的下降导致闭经等等的现象。如果出现自己雌激素水平下降，建议进行全面的检查，要进行卵巢激素水平的测定，同时要进行全身的检查，了解雌激素水平下降的原因。