巧克力囊肿出现疼痛，有可能是以下原因导致的：

第一，巧克力囊肿在增大。因为巧克力囊肿在来月经的时候，局部的异位症病灶也会出现出血的现象，会导致局部出现长大，在临床上造成疼痛的现象。

第二，巧克力囊肿出现疼痛，在临床上主要是由于这种疾病常常会导致组织出现黏连，出现疼痛的现象。

第三，巧克力囊肿出现疼痛是由于内部压力相对比较高，而引起的疼痛。

所以，如果有巧克力囊肿，最好给予手术进行治疗，可以采用腹腔镜手术，也可以采用开腹手术，并且在术后一定要定期复查。