西方马脑炎病程至少3-5天，多为8-14天，大多数成年人没有后遗症；婴儿的后遗症通常包括智力低下、情绪不稳定和四肢瘫痪；老年患者表现为精神障碍和人格改变。

与东方马脑炎一样，该病的诊断主要依靠流行病学资料和血清学检查，诊断主要取决于双血清补体结合试验，或血凝抑制试验是否高出4倍。

这种疾病的临床症状和体征不能与圣路易斯脑炎区分开来，目前还没有针对这种疾病的特异性抗病毒治疗，支持疗法和对症疗法通常与乙型脑炎一样使用，病人经常昏迷1-2天。