肛窦炎急性期时患者感肛内疼痛、肛管灼热、肛门发胀下坠、排便时疼痛加重、肛窦的分泌物增多，自肛内可流出少量脓性或脓血性的粘液，触痛严重。

慢性期时一般无明显症状，仅是在排便后肛门有短时间的刺痛感。急性期时应立即给予抗菌药物输注及时控制感染，以防炎症扩散到肛门周围软组织内，导致肛周脓肿。

如果B超检查发现局部已成脓，应及时将脓肿切开引流，慢性期时，每日肛门坐浴后将马应龙痔疮栓、九华膏和痔疮宁栓等药物纳肛，早晚各1次，如果感觉有轻微的炎症，可用红霉素栓纳肛，早晚各1次。