肛窦炎的治疗，包括药物治疗和手术治疗。

药物治疗：第一，可以适当的进行抗炎治疗，但在药品的选择和用药时间上要把握好，对疼痛感明显，则可以使用氧氟沙星等抗炎治疗。

第二，改善局部循环药物，包括迈之灵、地奥司明片等。

第三，神经营养药物，比如谷维素片、维生素b1、b12。

第四，局部用药包括太宁栓、美沙拉秦栓等。

第五，抗紧张、抗抑郁药物，包括安定、戴立新。还可以使用中药的治疗，以桃红四物汤加减辨证施治。

手术治疗，肛窦炎一般不建议手术治疗，但对合并与内痔直肠粘膜脱垂者可考虑行手术治疗。