月经不调，打黄体酮会有以下副作用：

1.有人会出现恶心、呕吐等胃肠道反应。

2.有可能在肌肉注射的部位出现硬结，常常是黄体酮不容易吸收所导致的。这种情况最好是做局部的热敷使药物尽快吸收，减少局部形成结节的情况。

3主要是打完黄体酮之后，有的人可能是出现月经量增多，因为黄体酮肌肉注射之后会导致子宫内膜出现异常增厚。所以在来月经的时候，子宫内膜脱落引起出血，就会使月经量有可能会增多。这是在临床上肌肉注射黄体酮的副作用，并且也建议月经不调，一定要查清楚原因再进行治疗。