咽拭子是可以用来区分病毒和细菌的。

因为咽部存在多种菌群，呼吸时和吃东西都需要通过口腔，内部会存有一部分的细菌，当发生呼吸道感染疾病时可以从咽部和扁桃体取分泌物出来，通过咽拭子检测查出致病病菌，根据检查结果选择最敏感类的药物。同时也能够区分是细菌感染还是厌氧菌感染、真菌感染。

如果咽拭子中没有检查出明显的致病细菌，可以判断可能是病毒感染导致的。这种情况一般不要使用抗生素进行治疗，要注意保持口腔的清洁。