卵巢巧克力囊肿可以怀上孩子，只是怀上的概率比较小。

女性卵巢巧克力囊肿，因为子宫内膜异位到卵巢后形成。如果囊肿比较小，小于2cm以下，而且患者比较年轻，只要卵巢功能尚好，有怀孕的几率。但是，如果卵巢巧克力囊肿比较大，超过5cm，已经影响卵巢内分泌功能，导致内分泌失调，而且年龄比较大超过35岁，怀孕概率比较小。

需要积极配合以上手术治疗，手术后超过3年不能怀孕的情况下，可以做试管移植怀孕。