怀孕3个月肚子有点隐隐作痛的原因如下：

1.可能跟早期妊娠反应有关。由于体内激素分泌紊乱，可能会对子宫造成刺激，导致肚子出现隐隐作痛的症状。一般休息后会逐渐好转，基本不会对身体有明显影响。

2.考虑出现先兆流产。需要随时观察身体症状，若有明显的腹部疼痛、下坠、出血等症状，需要及时就医，判断有无先兆流产。若有先兆流产出现，建议及时进行保胎治疗。

3.可能跟平时饮食有关。如果经常吃辛辣、刺激性的食物，对胃肠道产生刺激，也可能出现腹部疼痛的症状。