对于症状不严重的肛瘘处于发作间歇期时，不会造成患者大便的异常。

但如果患者肛瘘非常严重，范围比较广，造成肛门周围组织纤维化，有可能会导致肛门狭窄，就会引发患者出现排便困难、便秘等症状。

处于急性发作期的肛瘘，有可能会导致患者在大便时出现明显的疼痛症状，还有一些特殊感染引发的肛瘘，有可能会伴随着大便异常。例如结核性肛瘘、克罗恩病所引发的肛瘘，患者会伴有明显的肠道症状，会表现为大便次数增多、腹泻、便血、黏液便甚至黏液血便。