早上起来肩膀疼痛，有可能是睡觉的时候肩膀姿势不对，造成肌肉的劳损，或者是之前有肩关节的过度运动，或者是体力劳动引起的肌筋膜炎。还有可能是肩周炎导致的，多见于中老年人，可以出现肩关节的广泛性的疼痛，通常会伴有活动的受限。

另外，一些颈椎病的患者，尤其是神经根型颈椎病，早上起来会有颈肩部的疼痛，还会伴有上肢的放射痛和麻木感。还有一些肩关节本身的疾病，比如肩袖损伤、钙化性肩袖肌腱炎，以及肩峰撞击等。

需要完善一些影像学的检查，尤其是核磁共振进行诊断和鉴别。