扁桃体恶性肿瘤晚期出现疼痛的症状，其次则是出现颈部淋巴结肿大。对于晚期扁桃体恶性肿瘤的治疗，取决患者的实际的病情。如果能够手术切除，则是建议采取手术治疗。如果无法采取手术治疗，主要采取放化疗、综合性的治疗。

其次，可以针对扁桃体恶性肿瘤病灶采取置入碘125粒子内放疗，对于出现颈部淋巴结转移的，可以采取局部放疗及全身化疗治疗。

对于晚期的治疗，没有一个规范性的治疗方案，治疗还是需要结合实际的病情决定的。