半椎体畸形目前病因还并不是十分明确，但是普遍认为具有一定的遗传性。半椎体畸形目前考虑与染色体缺失有关，或者胎儿在宫内发育异常导致。如果是由于染色体缺失出现的半椎体畸形，就具有遗传性。另外有些患者也是由于在宫内发育时产生异常导致的，比如母体长期处于缺氧状态或者母体服用了一些容易导致畸形的药物，从而造成胎儿的发育异常。

再有就是母体的生活环境营养状况发生了巨大改变，都容易刺激胎儿在宫内产生脊柱的发育障碍，从而导致半椎体的畸形。

目前来看半椎体畸形考虑具有遗传性，但是并没有明确的定位是哪个基因，是哪个染色体缺失导致的，也并没有发现具有明确的遗传规律。