肛瘘做手术肯定会有疼痛，疼痛的剧烈程度和手术创伤的大小，以及患者对疼痛的耐受程度有关，但绝大多数患者对术后疼痛均能够耐受。

肛瘘手术后的疼痛相对于身体其他部位手术切口的疼痛要明显，这是因为肛门周围的神经末梢非常丰富，对疼痛的感觉也比较灵敏。一些高位复杂性的肛瘘手术创伤大，切口深，有可能术后疼痛感觉会更加明显，而且患者对疼痛刺激的敏感程度个体差异也比较大。

但由于肛瘘只有通过手术治疗才能治愈，所以患者不应该因害怕疼痛而拒绝手术，拖延治疗。