肛周脓肿都需要行手术治疗才能完全治愈，低位的脓肿可以行一次性根治术，而高位的脓肿可以行一次性根治挂线术。

肛周脓肿如果不及时手术治疗有可能会导致脓肿范围继续加重，将单纯的脓肿变成复杂性的脓肿，而增加后期的治疗难度。一些免疫力低下的患者有可能会出现感染入血而导致脓毒血症，甚至感染性休克危及患者的生命。

而即时通过保守治疗，暂时的控制了感染症状，由于其内口的存在，所以后期还是会反复的出现发作，最终也需要通过手术才能完全治愈。