射精时输精管疼痛，需要完善结核菌素试验、血常规、分泌物、尿沉渣涂片等相关检查，确诊病因，再给予相应的药物治疗。

射精时输精管出现疼痛，有可能是精囊炎、急性输精管炎、附睾炎、睾丸炎、输精管结核等疾病引起，需要完善上述的检查，确诊病因，给予对症的药物治疗。

如果是炎症引起，需要多休息，抬高阴囊，再给予广谱抗生素控制炎症，结合口服镇痛药物，改善疼痛。如果输精管结核引起，需要给予全身抗结核治疗。