淋巴结芽肿的潜伏期一般为4周，潜伏期之后会出现3期的临床症状。感染淋巴结芽肿衣原体后，其潜伏期绝大部分在4周之内，极个别时间较长，过了潜伏期之后会出现早、中、晚期的表现。

早期主要是生殖器、腹股沟淋巴结、直肠的病变，致病菌侵犯上述组织和器官，可以导致溃疡、糜烂、炎症等等表现。

在中期主要是全身症状，表现为盗汗、全身不适、结膜炎、肝脾肿大、关节炎等等不同的并发症。

在晚期会出现局部受累脏器的损害，影响器官的功能，同时导致会全身的器官功能的衰竭，有些甚至可以引起恶变的可能。