怀孕16周时如果晚上出现了头疼的表现，可能是下列因素导致的：

1.孕妇在夜晚临睡前，如果出现了较大的情绪波动，例如受到了刺激或者是惊吓，有可能会造成头部的神经紊乱，引发头疼的现象出现。

2.夜晚如果孕妇受到了外界冷空气等刺激，诱发了过敏性鼻炎或者是慢性鼻炎等发作，导致鼻腔正常的透气功能受到了影响，也会出现头部缺氧性的头疼症状。

3.如果在晚上关闭了门窗，但是室内有一定的空气污染，例如长时间有甲醛刺激，就会造成头痛的情况出现。