首先需要明确的是胆总管囊肿属于良性病变，它不像癌症一样，因为癌细胞具有扩散和转移的能力，因此，即使做了手术也要成天的担心，术后复发的风险。

胆总管囊肿首先不会扩散和转移，在正常情况下也不会损伤周围的器官，只有当囊肿过大或囊肿的位置不佳，比如压迫胆管，造成胆道梗阻，间接的影响了肝脏的功能。

因此，先天性胆总管囊肿的手术，只要术中将病变切除干净，一般情况下是不会复发的。但是如果患者在以后的生活中，出现了胆道结石或炎症等疾病，是有可能刺激胆管产生囊肿的。