同房射精后阴茎痛，多考虑可能是由于平时纵欲过度，导致性生活过于频繁，致使阴茎海绵体长时间处于勃起充血的状态，就容易在同房射精后出现阴茎疼痛症状。

也可能是由于泌尿生殖系统炎症所引起，常见于后尿道感染、精囊炎、前列腺炎等疾病。当这些部位存在炎症反应时，可引起这些部位充血、肿胀，尤其在性生活的刺激作用下，容易导致后尿道平滑肌以及阴茎海绵体产生痉挛性收缩，进而造成射精后阴茎疼痛。

此外，还可能为射精通道阻塞、前列腺肿瘤、尿道肿瘤等疾病所引起。