先天性巨结肠是可以吃母乳。因为先天性巨结肠是一种由于肠道神经节发育缺如导致的肠管发育异常，临床主要表现为腹胀以及便秘症状。

由于肠蠕动异常，随着宝宝进食量增加以及添加固体食物，宝宝便秘症状会逐渐加重，可能会引起宝宝食欲减退、恶心、呕吐等症状。

先天性巨结肠的临床治疗主要是通过手术切除病变肠管治疗，以免影响宝宝生长发育。如果症状不重，可以给予保守治疗，比如推拿、按摩、促进排便以及药物通便。先天性巨结肠与母乳本身没有关系，是可以进行母乳喂养。