肛瘘的复发率不高。肛瘘患者如果通过手术已经达到临床痊愈，但是没有彻底治疗肛窦炎、肛窦隐窝感染、肛门腺炎、痔疮等肛肠疾病，致使局部再次发生炎症，形成局部脓肿。

脓肿逐渐蔓延，再次破溃，形成新的肛瘘，临床称之为新发肛瘘。如果肛瘘手术不彻底，未找到正确的内口，与原来的部位再次出现外口，则称之为肛瘘复发，这种情况在临床上较为少见。

如果日常的生活习惯未改善，继续食用辛辣刺激性食物，久坐、久站，不喜欢体育活动，也能导致肛瘘复发。