子宫内膜异位症的临床表现多种多样，病变的部位不同，临床的表现也不相同。

症状特征大多与月经周期密切相关，大约有25%的病人没有任何症状。对于卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是我们常说的巧克力囊肿。巧克力囊肿经常会由于经期的囊内出血压力增加，而多次出现小的破裂。由于破裂后，立即被周围组织粘连，而仅造成一过性的下腹部或盆腔深部的疼痛。如果较大的卵巢从内膜异位囊肿出现大的破裂时，囊内的液体会流入盆腹腔，引起突发性的剧烈腹痛。多伴有恶心、呕吐和肛门坠胀感。

破裂多发生在经期前后或者经期，部分也可发生在排卵期，破裂前多有性生活或其他辅压增加的情况。子宫卵巢囊肿破裂、巧克力囊肿破裂的症状类似输卵管妊娠破裂的临床表现。