巧克力囊肿是指子宫内膜异位囊肿，是由于卵巢被因为内膜所侵犯。大多数病变是累计一侧的卵巢。卵巢因为内膜病灶分为两种类型，有微小病变型和典型病变型。微小病变型位于卵巢浅表层的红色、蓝色或者是棕色等斑点或小囊直径较小，刺破后有黏稠咖啡色液体流出，而典型病变型又称囊肿型，内膜异位，异位的内膜在卵巢皮质内生长形成单个或多个囊肿，称为准卵巢子宫内膜异位囊肿。

典型情况下，是陈旧性的血液聚集在囊内，形成咖啡色的粘稠液体，也就是巧克力囊肿。由于囊肿周期性出血、囊内压力增大、囊壁容易反复破裂、破裂后囊内容物刺激腹膜发生局部的炎性反应和组织纤维化，导致卵巢和临近的器官组织紧密粘连，形成囊肿固定不活动，手术时难囊壁容易破裂，这种粘连，是卵巢子宫内膜异位囊肿的临床特征之一。