当怀疑女性患有卵巢巧克力囊肿的时候，需要根据女性的具体临床症状，妇科检查结合一些辅助检查来进行确诊，和其他疾病相鉴别。比如巧克力囊肿有明显的痛经以及月经量的改变，并且因为巧克力囊肿可以导致盆腔内环境发生改变，引起不孕症的出现，此时就要和原发性的痛经相鉴别了。原发性的痛经通常没有任何的器质性的病变，并且不会引起不孕症。在做妇科检查的时候，卵巢巧克力囊肿此时可以摸到附件区有囊性的肿物活动度偏差一些，因为它容易和周围组织发生粘连。超声检查提示囊肿体积可大可小，包膜有的是比较厚的，和周围组织界限比较清晰。囊内容物回声不是清亮的，可以有很多光点回声，并且这个囊里面可以有很多分割，也可以是多发性的。抽血化验CA125水平是升高的，这是其它的卵巢囊肿没有的特点。