孩子个子矮的原因可能有以下几个方面：

1.身高受遗传因素的影响很大，如果父母以及家族中的其他成员身材都比较矮小，孩子也会因为遗传的因素而导致身材矮小。

2.平时吃饭比较挑食偏食，这样摄入的营养就不够全面，或者因患有消化系统方面的疾病而影响到肠道对于营养物质的吸收，孩子就会因为营养不良而导致身材的矮小。

3.孩子患有先天性的染色体疾病，因染色体变异或者缺失而引起的身高缓慢增长。

4.由于垂体功能出现异常，或者下丘脑有问题，生长激素的分泌减少，或者患有甲减时都可能导致身材的矮小。