导致孩子个子矮小的原因，主要包括以下几个方面：

1.遗传因素。如果直系亲属身高偏矮，孩子很可能会出现个子矮小，这属于正常的现象，但孩子的身高除了先天性的遗传因素外，与后天因素也有较大的关系。

2.营养因素。如果孩子营养摄入不足或者是自身机体吸收状况不好，也可导致孩子个子矮小，家长应注意给孩子科学搭配饮食，并鼓励孩子多进行户外运动，多到户外晒太阳。

3.疾病因素。常见于一些先天性代谢障碍疾病，比如生长激素缺乏症、甲状腺功能减退症、先天性心脏病等，都可导致孩子个子矮小。

另外，性早熟、发育迟缓也可导致孩子个子矮小。