打哈欠脖子疼可能是局部软组织损伤，比如晚上睡觉的时候枕头过高或者枕头过低造成落枕，导致脖子疼痛，打哈欠时会牵拉到疼痛加重。

颈椎方面的疾病，例如颈椎间盘突出，椎管狭窄会引起脖子局部的血液回流不畅，刺激血瘀引起脖子疼痛，打哈欠时也会牵拉到疼痛加重。

严重的睡眠不足，例如神经衰弱或者经常熬夜加班，会造成大脑暂时性缺氧，经常打哈欠也会出现脖子疼痛的现象。

排除上述原因，也考虑是小关节紊乱引起的疼痛。