包皮上有小疙瘩，可能是包皮龟头炎引起的。炎症会刺激包皮而出现红肿、疼痛、包皮上有红色的小疙瘩。

也有可能是珍珠疹，有时候男性患有包皮过长，包皮长期包裹龟头，很有可能会在龟头以及包皮上有慢性的血管组织增生，而引起珍珠疹。

如果男性有不洁的性生活史，感染了人乳头状病毒，也有可能会在龟头、包皮或者是其它部位，出现尖锐湿疣。也有可能是男性患有阴茎癌，肿瘤组织可能会生长在包皮以及龟头上。