肛瘘处于慢性活动期时，因内口处感染物质的不断进入或瘘管引流不畅，患者肛门外口处会有脓液流出，肛门皮肤感到潮湿、瘙痒。这时因脓液还可以流出体外，内部积存的脓液较少，一般不会引起较严重的感染症状，所以不会出现体温升高的表现。

肛瘘急性感染期时，感染物不断地从内口进入，瘘管完全堵塞，外口封闭，脓液完全不能流出，全部积存在体内，向周围组织扩散后，会形成新的肛周脓肿，脓液中的毒素吸收入血后，就会出现体温升高的表现，这时应及时进行手术治疗，或将脓肿切开引流或行肛周脓肿根治术。