身体健康的人群，通常不会由肛瘘引起全身的感染。而免疫力低下及糖尿病患者等人群，发生严重的肛瘘后，有可能会引起全身感染。

肛瘘引起的炎症反应通常为慢性，当出现积脓后，脓液很容易通过皮下瘘管而从内、外口溢出，脓液流出后瘘管内压力降低，会大大减轻炎症对周围组织的侵蚀作用。

但免疫力低下以及糖尿病患者，身体抵御细菌入侵的能力很差，由于组织疏松又可以引起炎症的扩散。如果不进行及时的手术或者抗感染等保守治疗措施，炎症有可能会扩散，引起全身性的严重感染。