黄体酮低的原因主要是黄体功能不足，黄体功能不足是由于黄体期孕激素分泌不足，或者由于黄体的过早衰退，导致子宫内膜分泌不良，从而引起月经的异常。

黄体酮低的原因有很多的因素。首先是卵泡的发育不良，卵泡颗粒细胞的数目和功能分化缺陷，特别是颗粒细胞膜上促黄体素受体缺陷，引起排卵后颗粒细胞黄素化不良以及分泌孕酮量的不足，导致黄体功能不足。

另外是由于卵泡成熟的时候，促黄体素排卵峰的分泌量不足，促进黄体形成的功能减弱，是黄体功能不足的较为常见的原因。循环中的雄激素水平偏高以及垂体泌乳素升高等等的因素，都可以抑制促黄体素的排卵高峰。

另外，促黄体激素的排卵高峰后的垂体的促黄体激素低脉冲分泌，它是维持卵泡、卵泡膜黄体细胞功能的重要机制，如果分泌机制的缺陷，也可以导致黄体功能不足。