宝宝凌晨3点多咳嗽可能为以下原因所导致：

1.如果天气比较寒冷或者空气比较干燥，家长没有调整好室内的温度和湿度，室内温度过高或过低，就会对宝宝的呼吸道造成刺激，使宝宝出现咳嗽的症状，应当调整室内的温度与湿度，避免室内的温度过高或者过低。

2.如果宝宝患有呼吸道感染疾病，会引起流鼻涕的症状，在睡觉以后鼻涕就会倒流至咽部，咽部受到刺激后就会出现咳嗽。

3.如果宝宝没有出现感冒的症状、咳嗽时间较长，并且在白天不咳嗽，可能是呼吸道过敏所导致的咳嗽。