肩关节损伤并且伴有关节积水，应该做以下的治疗：

首先，需要确定一下肩关节损伤的程度，如果损伤程度较轻，即使是有关节积液，通过保守治疗也能够取得良好的治疗效果。在治疗期间，需要三角巾悬吊，避免肩关节运动，防止肩关节损伤的进一步加重。

其次，针对局部应该做微波理疗，可以外用活血化瘀药物进行治疗。另外，也可以口服活血化瘀药物进行治疗，如果疼痛较重，还可以口服镇痛药物。如果肩关节损伤较为严重，甚至达到了肩袖撕裂的程度，通常只能够通过肩关节镜来进行治疗，通过手术把断裂的部分顺利地缝合，才能够治疗肩关节损伤。