小孩发烧40℃是否会影响大脑，需要根据病因判断：

如果孩子是因为感冒、体内感染性疾病引起的发烧症状，偶尔出现高烧40℃的情况是不会影响大脑的，及时地退烧治疗即可。

如果孩子发烧是由于脑炎等脑部感染，或者其他脑部疾病等，持续地高烧提示大脑疾病的症状比较严重，有可能会影响大脑。

孩子发烧及时到医院就诊，同时采用物理降温、口服退烧的药物治疗，尽量避免孩子引起高烧，否则容易造成高热惊厥，影响孩子的健康。