卵巢囊肿手术后大多数并没有后遗症，出现后遗症的只是极少数。

首先，包括切口愈合不良，比如手术后切口感染导致切口愈合延迟，还有一些可能会出现盆腔的粘连，或者发生肠粘连、肠梗阻，更多的可能会导致卵巢功能的异常。因为手术过程中有可能损伤到卵巢的皮质，从而影响卵巢的分泌功能和排卵功能，或者是微创手术对卵巢造成了热损伤，会导致月经紊乱、月经量减少，甚至闭经，有些还可能引起医源性的卵巢早衰。

卵巢囊肿手术后，要注意休息预防感染，而且术后要尽早地下床活动，促进肠蠕动，可以预防肠粘连，预防盆腔粘连。