肝内胆管结石多引起右上腹的疼痛，即右侧的肋弓以下，脐右上方的区域。部分疼痛较重或合并胆道感染的患者，疼痛可能就不仅仅局限于右上腹，整个上腹部可能都会感到疼痛不适，疼痛性质多为持续性的钝痛或胀痛，也可能出现痉挛性的绞痛，并放射至右侧的肩背部和腰部。

如果梗阻较严重，造成了炎症渗出时，也可以出现全腹疼痛。疼痛是可服用药物治疗，但建议患者到正规的医院进行检查，根据实际病情选择对症治疗方案。

如果肝内胆管结石造成肝脏萎缩，则需要手术治疗。