肝内胆管结石会引起疼痛的，由于结石的位置不同，肝左叶的结石可表现为上腹部、剑突下疼痛，临床表现类似胃痛。

肝右叶的结石可表现为右上腹疼痛，疼痛发作时可以放射到右侧的肩背部和腰部。如果胆结石造成胆道梗阻，会表现出持续性的胀痛，胆结石长期刺激胆道组织，损伤胆道黏膜，会造成痉挛性的绞痛。

除此之外肝内胆管结石除了引起疼痛，还会引起消化道的症状，比如食欲不振、恶心呕吐、腹痛腹胀等。

如果合并感染还可造成寒颤发热、头晕乏力、肢体酸痛等。一部分患者会出现梗阻性的黄疸和肝功能的损害，需要及时治疗。