甲状腺功能减退症是由缺碘造成的，也有碘过多，也可能由于手术切除了甲状腺组织，或者是由于核素碘-131治疗以后，导致甲状腺的组织减少而发生甲状腺功能减退症。也有可能发生了下丘脑-垂体的疾病，使得促甲状腺激素、甲状腺激素的水平均有下降，这时也出现甲状腺功能减退症。

可见引起甲减的原因很多，缺碘只是引起甲状腺功能减退症的原因之一，缺碘产生的甲减是由于甲状腺细胞内的碘含量过少，不能进行碘化酪氨酸，合成的甲状腺激素减少。碘过多时也容易导致甲状腺功能减退症，是由于甲状腺内的碘与过氧化物酶竞争可以抑制氧化酶的活性，使得甲状腺激素的合成减少。

其次，过高的碘可以反馈地抑制甲状腺滤泡上皮细胞内甲状腺激素的释放，也可造成甲减。发生甲减时，要详细地检查原因，并给予左甲状腺激素的替代治疗。