肾结核最重要也是最早出现的症状是膀胱刺激征，即尿频、尿急及排尿不适症状。尿频是最早出现的，由每天数次增加到数十次，严重者甚至可出现类似尿失禁现象。血尿是另一个重要及常见症状，多为轻度肉眼血尿或镜下血尿，少数呈肉眼血尿。

脓尿：无菌性脓尿是肾结核的特征。大约20%的患者会出现继发细菌感染。典型的结核性脓尿的特征是尿液混浊不清，甚至呈米汤样，可检出大量脓细胞。但常规细菌培养却无菌生长。腰痛：若出现结核性脓肾、肾积水、肾脏体积增大，肾被膜受牵张可出现腰痛，甚至肾绞痛。

全身症状：可出现食欲下降，消瘦、乏力、盗汗、低热等一般结核病变的各种非特异性症状。