肛门里面深处隐隐作痛，有可能是肛裂、痔疮以及肛窦炎等常见的肛门疾病所致。

肛门肛管的神经末梢分布非常丰富，很多疾病都可以引起肛门疼痛。最常见的引起肛门疼痛的疾病是痔疮，痔疮的本质是痔区黏膜曲张以及肛垫下移共同作用引起。当痔疮并发感染、血栓或者脱出嵌顿时，就会引起肛门疼痛。

肛裂也可以引起肛门疼痛，最典型的症状是排便时肛门撕裂样疼痛，而不排便时可以出现肛门隐隐作痛。肛窦炎可以引起肛门持续性的烧灼样疼痛。建议及时到医院就诊，明确诊断后再进行下一步的治疗。