肝内胆管结石的治疗，需要明确结石的数量、大小、位置，以及肝脏的损伤程度而定，如果肝内胆管结石不引起相应的并发症，那么理论上是可以不处理，仅需要定期的复查，来监测病情的进展。

对于症状较轻或结石较小的患者，可以采取药物如熊去氧胆酸和鸡内金等进行溶石或排石治疗。

临床上对于肝内胆管结石，常用的手术方式为胆管切开取石，如果结石的数量较多或直径较大，胆管切开取石困难，就需要连同附近的肝脏一并切除，如果发现肝脏损害严重，就需要进行肝移植。