由于肝内胆管遍布于整个肝脏，因此胆结石既可以发生于肝左叶，也可以发生于肝右叶，而且两者目前并没有明显的差异。造成肝内胆管结石的原因有很多，主要是感染引起的，包括消化道细菌的下行感染，各种类型的腹腔炎症，比如肝脓肿和胰腺炎，都是胆结石的诱发因素。

除此之外，高脂肪，高胆固醇，高糖类的饮食，早上不吃饭，身体肥胖，缺乏运动，吸烟饮酒，以及肝硬化和肝癌，还有一些血液病和代谢病等，都可能引起胆结石。