发生肛肠闭锁的原因大体分为两类:
第一是遗传因素,具有很强的家族遗传倾向,常以家族发病;临床上发病率较高,大约为25%以上;双胞胎的发病几率也比较高,其主要原因是原始肛发育不全,后肠未下降至尾部的凹陷处,多伴有会阴瘘、泌尿生殖系统之间瘘管。
第二种情况见于环境因素,常见于母体孕期摄入药物过多,比如为了减少妊娠反应,长期服用口服避孕药的等;抑制体内的叶酸形成和利用,造成体内的叶酸缺乏以及怀孕早期母体剧烈活动造成子宫环境中的机械因素,也能导致胚胎后肠发育不良。
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