单纯原发性的脑干损伤并不多见，当外力作用在头部时，不论是直接的还是间接的暴力，都将引起脑组织的冲撞以及移位，可能造成脑干的损伤。

具体脑干损伤引起的机制是比较复杂，当外力作用于头部时，脑干向周围移动形成牵拉、扭转、挤压，可导致脑干的损伤。比如当额部受损伤的时候，脑干就可以向前方移位，撞到前面的骨头上，后脑勺受力可以使脑干向后方移位，撞到后面的骨头上，形成牵拉以及扭转性的运动，导致脑干受到不同程度的损伤。

另外当头部受外力的打击，形成颅骨的严重变形，可以通过脑室内脑脊液的冲击波以及脑干，形成脑干的损伤，这些都是原发性脑干损伤引起的原因。