多种疾病都可使患者出现龟头冠状沟长肉芽的临床表现，所以其具体病因需要结合患者的具体病情及个人史综合分析。

如患者有冶游史或其性伴侣已明确诊断相关性传染性疾病，则考虑是患有尖锐湿疣所引起的，此时需要及时到泌尿外科就诊，取活检组织行病理学检查以明确诊断，并予以针对性治疗。例如电灼清除冠状沟内的肉芽样组织，这类患者在治疗期间不能进行性生活。

如果患者平时无不良性生活史，但有包皮过长的情况，则考虑可能为珍珠疹。常因包皮过长引起冠状沟内有污垢积聚，并发生慢性摩擦所致。此时需要及时清洗冠状沟及包皮，并行包皮环切手术治疗，多数患者可逐渐自行恢复正常。